Ngày 5/7/1885, kinh thành Huế bị thất thủ vào tay quân Pháp. Sau đó, vua Hàm Nghi cùng Tôn Thất Thuyết ra Hà Tĩnh. Ngày 9/9/1885, Tôn Thất Thuyết hộ giá vua Hàm Nghi ra Tân Sở và hạ chiếu Cần Vương, kể tội ác của thực dân Pháp, nói lên nỗi thống khổ của người dân nô lệ bị mất nước, và kêu gọi các sĩ phu yêu nước phò vua Hàm Nghi kháng Pháp.

Chưa đầy 2 tháng, ông Lê Trực tập hợp hơn 500 người với các tướng lĩnh kiên trung như Cao Thượng Chí (người thôn Xuân Mai, xã Mai Hoá), Nguyễn Phạm Tuân ở Chợ Đón (Bố Trạch), Phan Tường ở Ba Đồn - Quảng Long, chánh lãnh binh Lê Ảnh,.. Đội quân sắm sửa gậy gộc, giáo mác, sẵn sàng chờ lệnh đánh Pháp cùng với quân của các ông Đề Phú, Đề Én, Lãnh Ngưỡng, Lãnh Khuê, Đề Trích, Đoàn Chí Tuân, Mai Lượng …

Năm Bính Tuất (1886), hơn 60 lính Pháp đi bộ theo Quốc lộ 1A đến lập đồn bốt ở Đèo Ngang nhằm án ngự Bắc-Nam. Nghĩa quân Lê Trực tổ chức đánh úp quân Pháp ngay tại Cầu Ròn, giết chết 5 Phi đen và đánh đuổi tàn quân Pháp khỏi căn cứ.

Đêm mồng 9 rạng ngày 10/5 năm đó, nghĩa quân Lê Trực đột nhập thành Đồng Hới, đốt trại lính Pháp, làm chủ toàn thành và cắt đứt giao thông Bắc-Nam gần 2 tháng. Đặc biệt, viên tỉnh trưởng Nguyễn Đình Dương (người mang tiếng ác ôn nhất miền Trung) đã bị xử tội.

Sau đó, nghĩa quân liên tiếp hạ nhiều đồn Pháp trên đất Quảng Bình từ đồng bằng đến miền núi và chặn đứng các cuộc hành quân của Pháp trên hai đường thủy - bộ.

Đến tháng 6, quân Pháp lên theo Sông Gianh (Linh Giang) để xây đồn bốt. Nghĩa quân ra nghênh chiến, dụ hơn 200 thuyền Pháp và quân thân Pháp vào ổ phục kích mà Lê Trực đã dựng sẵn cuối thôn Chân Linh (Thôn Bàu 3 ngày nay). Hai bên đánh giáp lá cà dữ dội, khiến quân Pháp thương vong nhiều.

Sau đó,các đồn bốt Pháp liên tục bị nghĩa quân Lê Trực công kích như Hướng Phương, Mỹ Hoà, Đan Xá … ngay cả đồn Đồng Hới cũng bị công kích nhiều lần, giúp nghĩa quân kiểm soát đoạn quốc lộ 1A đi qua địa phương và chặn đường giao thông của Pháp từ Nghệ-Tĩnh vào Đồng Hới.

Lúc này, triều đình đưa một loạt tri phủ, tri huyện, lý trưởng mới lên thay các quan lại cũ vốn phò vua Hàm Nghi chống Pháp, khiến một số người không dám nhậm chức vì sợ bị nghĩa quân tấn công, trong khi một số khác vẫn lãnh chức nhưng xin lưu trú tại đồn Pháp. Lúc này, các nghĩa quân Cần Vương liên tiếp thắng trận ở các vùng Biểu Lệ, Diên Trường, Trung Thôn, Lâm Xuân, Hoà Ninh, Hạ Trang,… Quân của Lê Trực làm chủ được bắc Quảng Bình, gây nhiều thiệt hại tổn thương cho thực dân Pháp. Cuối năm 1887, quân Pháp vẫn đặt được đồn tại Minh Cầm (xã Phong Hoá? ngày nay), buộc Lê Trực nhiều lần công kích. Nhưng lúc đó, do có gián điệp dẫn đường cho Pháp, đại bản doanh của ông tại Rú Cấm (xã Tiến Hoá) bị đánh úp. Dù lui quân an toàn, nhưng nghĩa quân bị bắt hơn 10 người, trong đó có bà vợ cả của ông, các tướng Nguyễn Phạm Tuân và Phan Tường.

Sau đó, Lê Trực cùng Tôn Thất Đàm (con trai Tôn Thất Thuyết) thu phục tàn quân các nơi và chiêu mộ thêm lính ở đầu Sông Nai để tiếp tục chiến đấu kiên cường, buộc quân Pháp co cụm về đồng bằng.

Cuối năm 1888, vua Hàm Nghi bị bắt, nhưng nghĩa quân của Lê Trực vẫn tiếp tục chiến đấu, khiến quân Pháp tổn thất nặng nề. Uy thế của quân Cần Vương bắc Quảng Bình vẫn lên cao. Người Pháp áp dụng chiến lược “dùng người Việt trị người Việt” (liên tục đánh vào làng mạc, tàn sát dân thường để buộc nghĩa quân chùn chân) và tận dụng ưu thế quân lực vượt trội để đánh bại nghĩa quân.

Đầu năm 1891, ông Lê Trực phải cầu hòa với quân Pháp để bảo vệ bách tính. Phong trào Cần Vương ở Quảng Bình kết thúc.

Ngày 4 tháng Sáu năm Mậu Ngọ (1918), ông Lê Trực qua đời tại quê nhà, hưởng thọ 90 tuổi, khiến cho nhân dân và chí sĩ yêu nước khắp nơi đều thương xót.